A lo largo de la historia de la Arqueología nos hemos enfrentado a diversas corrientes teóricas y metodológicas que hacen evolucionar y cambiar el norte de esta disciplina. El principal vuelco que ha tenido se refiere al estudio de lo social, ya no bastaba solo con ver lo que se veía inmediatamente a través del registro material, sino que se le dio importancia a la función de los artefactos y el que papel jugaban estos en las relaciones entre las personas que los fabricaron y utilizaron, para poder de esta forma establecer algunos aspectos acerca de sus sistemas ideologicos y rituales, sus medios economicos y de subsistencia y en general su diario vivir. Es bajo esta idea como nace el interés por el indígena, por el aborigen, por tratar de construirles una identidad, una historia, ya que generalmente se les consideraba como personas "sin historia", e integrarlos a la sociedad para ser tratados como un seres humanos normales, con las mismas aptitudes y capacidades del hombre occidental.¿Estamos hablando de lo mismo cuando nos referimos a Indígena y Aborigen? Visto de una manera más amplia estamos hablando de lo mismo, pero según el periodo de tiempo y la corriente teórica imperante en el momento de la pregunta es como se le llama y cuales son las características que se le atribuyen. Generalmente, en una visión más contemporánea, cuando hablamos de indígena se entiende a un grupo con identidad, con uniones primarias de tierra y cultura, son personas tradicionales con duraderas conexiones de modos de vida que han sobrevivido de generacion en generacion . Mientras que el aborigen, cuyo estudio en la modernidad pasa a llamarse "aborigenismo", vendría siendo una clase de humanos cuya mente trabaja de manera distinta a la de los occidentales civilizados, se les ve como personas totalmente no civilizadas, con concepciones y percepciones muy distintas, lo cual es incomprensible a la ciencia. Desde una descripcion apresurada el aborigen es visto como un indígena salvaje, sin embargo hay que evaluar los factores que hacen esta distincion, como la época en que se vive, las condiciones naturales, las oportunidades de estudio y económicas que se les presentan a cada grupo, etc., como también la época donde el término es usado por el arqueólogo. Y es así como últimamente la antropología y la arqueología tratan de abordar este tema.
Desde la practica arqueologica, el manejo del registro material ha causado problemas en las sensibilidades de muchos grupos indigenas en cuanto estos asumen el trabajo arqueologico como una practica que no es correcta al verse pasados a llevar por parte del arqueologo quien profana las tumbas de sus antepasados y se lleva lo encontrado fuera de sus tierras. Se le critica por no respetar las religiones ni las creencias históricas de éstos pueblos, de descuidar el deseo de las comunidades de definir sus propios pasados y por tanto sus lugares únicos en el mundo contemporáneo. Robert McGhee nos dice que el pasado es un universo que está abierto a todo, y si los arqueólogos eligen no basar su interpretación en la evidencia de tradiciones orales, fe religiosa, o el uso de la imaginación de otras formas de información, ellos no deberían tener parte en negar a otros el derecho a hacerlo. Por otro lado también se les critica el rechazar sofisticados conceptos aborígenes referentes a lo cíclico o a lo que está presente eternamente, de forma permanente, y les imponen en su historia el concepto occidental de tiempo lineal, etc. Es con este argumento bajo el cual nace el concepto de Aboriginalsimo, refiriéndose al concepto de que las sociedades y culturas indígenas poseen cualidades que son fundamentalmente diferentes de las personas no-aborígenes. McGhee ve la arqueología como un grupo de técnicas desenvueltas para recuperar la información relacionada con la historia humana, y como un proyecto que es igualmente aplicable a la historia de todas las comunidades humanas.
Puede que la relación arqueólogo-registro-indígena es la mayor deficiencia de la disciplina, que claramente hay que mejorar, hay que poder lograr un trabajo en conjunto arqueólogo-indígena. Algunas soluciones suponen el desarrollo de formas de arqueología indígena que surjan radicalmente de la práctica de la arqueología como un legado de disciplina académica. Hay que rescatar también que en algunas jurisdicciones el arqueólogo tiene que consultar y contar con el permiso de las comunidades indígenas para poder llevar a cabo una investigación. También hay ideas de que el arqueólogo asuma una relación anfitrión/invitado con las comunidades, ya que éstas tienen todo el derecho a controlar las investigaciones arqueológicas en cualquier forma que ellos deseen. Esto lleva a un creciente interés y participación de los indígenas en la arqueología de los estados postcoloniales, es un desarrollo beneficioso para el crecimiento continuo del conocimiento histórico. La expansión de la soberanía indígena sobre las tierras que contienen restos arqueológicos a menudo ha mejorado la protección, preservación y el uso arqueológico de estos restos, contando con capacitaciones para poder administrar su patrimonio.
Finalmente hay que destacar que el desafío de estudios de nativos americanos es presentar perspectivas indígenas en forma rigurosa y reflexiva. El rol de los académicos “no-indios” es aprender desde esa perspectiva sin entregar la visión y rigor de sus disciplinas, por lo que la arqueología indígena debería ser considerada una rama de los estudios aborígenes tanto como una componente de la disciplina de la arqueología académica.
